Затем с 1977 по 1983 годы занимал должности старшего помощника командира большого ракетного корабля, большого противолодочного корабля, командира эскадренного миноносца 1 ранга. В 1983 - 1989 годы он начальник штаба, командир бригады эскадренных миноносцев. Заочно в 1986 году окончил Военно-Морскую Академию. С 1989 - начальник штаба - заместитель командира оперативной эскадры. С 1991 по 1993 год - слушатель Военной Академии Генерального штаба Вооруженных Сил России, затем, с 1993 года - начальник штаба - первый заместитель командующего Кольской флотилией. В 1996 году вице-адмирал Владимир Масорин Указом президента Российской Федерации назначен командующим Каспийской флотилией. Воинское звание "вице-адмирал" присвоено Указом Президента Российской Федерации в мае 1997 года.

9 октября 2002 года вице-адмирал Владимир Масорин Указом Президента Российской Федерации назначен командующим Черноморским флотом.

Имеет ряд правительственных наград, в том числе Орден "За службу Родине в ВС РФ" третьей степени, Орден Трудового Красного Знамени и орден "За военные заслуги".