С началом боевых действий на Востоке Черноморский театр военных действий и весь южный фронт рассматривался германским военно-политическим руководством как сугубо второстепенный. С начала вторжения все усилия были направлены на быстрое продвижение к Москве и по Прибалтике. Еще согласно предварительному плану генерал-лейтенанта Маркса (в то время Маркс занимал должность начальника штаба 18-й армии) от конца июля 1940 года особое место уделялось роли Припятских болот, которые разделяли фронт на две части. Более развитая дорожная сеть центра и северной части Союза (а вермахт сделал ставку на развитие колесной техники в войсках) позволяла продвигаться стремительно в этих районах. Наступление северной группировки позволяло соединиться с союзниками из Финляндии и обезопасить поставки "шведской руды, которая крайне необходима для производства вооружений" . Наступление на столицу позволяло надеяться на быстрый разгром СССР. Южные территории при таком раскладе автоматически переходили в руки Германии. От войск требовалось разгромить армии, которые находились в Украине, а окончательная их ликвидация предусматривалась полицейской операцией. С политической точки зрения большую роль играл Кавказ с его нефтью и выгодным расположением для подготовки наступления на Ближний Восток.

Уже после начала наступления положение южного фронта и Черного моря изменилось - к концу июля блицкриг Германии провалился, и войска резко замедлили свое продвижение. В конце лета вермахт и его союзники начали продвижение вдоль побережья Черного моря.

21 августа группа армий "Центр" прекратила наступление и основной ее целью на тот период стало обеспечение наступление двух других группировок. Уже тогда в качестве основной цели на юге обозначили Крым. До этого действия германского флота носили пассивный характер. Сразу после начала войны произвели постановку мин, небольшие силы флота поддерживали наступление сухопутных войск. К этому времени СССР имел преимущество на море. Здесь находились 4 старых крейсера (включая совсем уж старый "Коминтерн"), два новых, линейный корабль "Парижская коммуна", 10 эсминцев (5 из них старого типа "Новик"), 6 миноносцев, 82 торпедных катера, 44 подводные лодки (немцы исходили из расчета в 30 подлодок), 4 канонирские лодки, 12 тральщиков. Плюс к этому Дунайская флотилия: 4 монитора типа "Железняков" и 1 типа "Ударный" и 20 бронекатеров. Этим силам противостояли в основном румынские корабли. В море действовали 7 эсминцев, 2 устаревших крейсера (использовались в качестве минных заградителей), 3 торпедных катера и одна подводная лодка. На Дунае находились 7 мониторов, 3 плавбатареи, 13 сторожевых катера. По своим характеристикам мониторы Румынии превосходили советские. На этом ТВД могли быть использованы до 1000 самолетов, но они были заняты на суше.

Крым представлял из себя большую угрозу. Боевой корабль от Севастополя мог за 10 часов достигнуть побережья Румынии. Под угрозу попали нефтедобывающие предприятия. Но вся мощь советского флота с первых дней была направлена на оборону. В то время как Румыния до минимума сократила перевозки по морю, советский флот занялся установкой мин и заграждений. За один месяц у своих берегов установили около 7300 мин, полностью закрыли вход в Азовское море, а у берегов Румынии установили только 630 мин. С румынской стороны не предпринималось активных действий, только транспортные суда уходили на юг, да еще 4 итальянских танкера перевозили нефть. На Дунае дела обстояли лучше. 14-й стрелковый корпус надежно сдерживал наступление 4-й румынской армии. Уже 24 июня при поддержке Дунайской флотилии рота пограничников захватила полуостров Сатул-Ноу. 26 июля 23-й стрелковый полк 25-й дивизии с кораблей флотилии высадился и занял Килию-Веке. Высадку прикрывала авиация, которая не подпускали к десанту бомбардировщики. В ходе боя десант уничтожил до 200 человек, взял в плен 700 солдат и офицеров, захватил 8 орудий. В конце июля весь южный фронт начал отход, Приморская армия была вынуждена занять оборону по берегу Днестра.

Решительно начала действовать морская авиация. В то время на всем южном фронте действовало (вернее было до начала войны) около 3000 самолетов. В конце июля 140 бомбардировщиков ДБ-3 и СБ предприняли ряд ударов по городам Констанца и Сулину. Назад не вернулись 16 машин.

26 июля Черноморский флот получил приказ проводить более активные действия. В этот же день 4 эсминца и один крейсер подошли к побережью Румынии. Лидеры "Харьков" и "Москва" обстреляли порт Констанцы и вокзал. При этом лидер "Москва" был потерян от попадания 280-мм снаряда береговой батареи.

С началом обороны Одессы флот подключился к снабжению гарнизона, роль охраны конвоев была возложена на крейсера и на эсминцы. Сторожевых катеров крайне не хватало. 4 канонирские лодки совершали рейды вдоль берега и обстреливали наступающего противника. В то время командование флота еще серьезно опасалось десантных операций в тылу советских войск. Однако в то время германский флот имел крайне незначительно количество десантных судов типа F (20--мм бронирование, 88-мм орудие, 300 человек десанта или три танка, 5 полевых орудий). Но эти силы предназначались для высадки в Англии. Основным противником советского флота стала авиация группы армий "Юг". К концу лета 1941 года ею было потоплено 4 боевых корабля.

В середине сентября флот предпринял ряд операций для улучшения положения под Одессой. В районе Григорьевки был высажен 3-й полк морской пехоты (около 2000 человек). Десант был доставлен на двух крейсерах под прикрытием 2 эсминцев. Пока лодки с десантом подплывали к берегу, крейсера и эсминцы вели огонь по берегу, затем перевели обстрел в глубь территории. В ходе десантной операции два батальона морской пехоты захватили артиллерийскую батарею, которая обстреливала город. Было уничтожено до 200 солдат и офицеров противника. В тот же день начала наступление 421-я стрелковая дивизия. Утром морпехи и стрелки соединились. 23 сентября к десанту присоединилась группа парашютистов, которых сбросили для проведения диверсионных операций. Всего в ходе операции (как и морпехов, так и стрелковой дивизии) противник потерял около 2000 человек, 32 орудия, 30 минометов. Эта операция показала эффективность флота и крайнюю слабость румынского флота, который так и не смог даже обнаружить корабли с десантом.

В конце сентября было принято решение эвакуировать гарнизон Одессы. Эвакуация проводилась с 1 по 16 октября. Всего было вывезено 86000 солдат, 15000 гражданских, 462 орудия, 14 танков, 1400 машин, 25000 тонн грузов. В 9 часов утра 16 октября эвакуация закончилась, но противник об этом даже не знак - еще несколько часов продолжался обстрел города. Конвой подвергся бомбардировке только уже при подходе к Севастополю, при атаке был потоплен только один транспорт. За время осады города противник (румынская 4-я армия) потерял 160000 солдат и офицеров ранеными, пленными и убитыми.

Еще 14 августа решением ВГК была создана 51-я Отдельная армия (к