Директивой штаба ЧФ от 22 сентября 1944 года из подразделений, прибывших из Кавказского региона по окончании боевых действий, сформирован 355-й отдельный инженерный батальон ЧФ, который 6 июня 1952 года приказом командира Береговой обороны ЧФ переименован в 355-й отдельный морской инженерный батальон. 12 апреля 1955 года директивой штаба Черноморского флота 355-й ОМИБ переименован в 160-й отдельный морской инженерный батальон (ОМИБ). С образованием в 1958 году Морской инженерной службы Черноморского флота 160-й ОМИБ вошел в прямое подчинение МИС ЧФ и под руководством службы выполнял основные задачи инженерного обеспечения сил флота на Черноморском побережье и за пределами государства.

В период с 1955-го по 2009 год личным составом 160-го ОМИБ ЧФ решены многие задачи инженерного обеспечения базирования сил Черноморского флота, повышения боевой готовности флота, защиты государственных интересов за рубежом. Так, в 1971 году был оборудован пункт маневренного базирования в бухте Мерса-Матрух (Египет), в 1980 году - на острове Дахлак (Эфиопия). В 1984 году личный состав ОМИБ участвовал в инженерном оборудовании пункта материально-технического обеспечения в Камрани (Вьетнам), а в 1987 году - в порту Тартус (Сирия).

Саперы ОМИБ обезвредили более полутора миллионов единиц взрывоопасных предметов, среди которых авиабомбы немецкого и советского произ-
водства, мины, снаряды, в том числе реактивные, гранаты и даже пушечные ядра периода первой обороны Севастополя. ОМИБ принимал участие во всех крупномасштабных учениях стран Варшавского Договора на территории Советского Союза и за его пределами: «Океан-70», «Крым-73», «Запад-81», «Щит-82», «Осень-88».

В период сокращения и оптимизации ВС РФ 12 апреля 2009 года директивой штаба ЧФ No52/1/324 160-й ОМИБ был переформирован в 56-ю отдельную морскую инженерную роту (командир майор Д.М. Ячменев). В дальнейшем рота вошла в состав 68-го отдельного морского инженерного полка ЧФ.

61-й морской инженерный полк армейского корпуса Черноморского флота был сформирован 14 мая 2014 года. Боевое знамя части было вручено 20 декабря 2014 года. Командиры - полковники А.Г. Баглаенко, Р.С. Мовсесян, И.Г. Бондарь.

Личный состав полка выполняет весь спектр свойственных задач по обеспечению деятельности сил и войск флота на побережье Черного моря, осуществляет обезвреживание и утилизацию взрывоопасных предметов времен Великой Отечественной войны, обнаруженных на территории Крымского полуострова.